1、学校的等级不同。
江西中医药大学科技学院是经国家教育部批准成立的公办全日制本科独立学院，先后荣获“全国先进独立学院”、江西省高校先进基层党组织”、“江西省高等学校招生计划管理工作先进集体”等光荣称号，是一所三本院校。而江西中医药大学使一所二本院校。
2、颁发的证书不同。
江西中医药大学科技学院是由江西中医药大学申办，毕业后颁发的是江西中医药大学科技学院的毕业证和学位证。江西中医药大学毕业后办法的是江西中医药大学的毕业证和学位证。
3、学校的性质不同。
江西中医药大学是公立大学，而江西中医药大学科技学院是民办大学。